Nemuno delta yra įtraukta į tarptautinės reikšmės šlapynių sąrašą, nes dėl žmogaus veiklos tokių gamtai svarbių šlapynių, be Nemuno deltos, Europoje yra likusios vos dvi: Dunojaus delta Rumunijoje ir Donjanos šlapžemių kompleksas Ispanijoje. Dėl migruojančių paukščių gausos ir įvairovės bei retų perinčių rūšių didžioji Nemuno deltos parko dalis 2004 m. buvo įtraukta į tarptautinį saugomų teritorijų tinklą „Natura 2000“.